榕江縣歷史悠久，早在新石器時代境內先民到此立村建寨。轄地自明朝為軍政共轄之地。

明洪武年間，為湖廣五開衛轄地（軍管）；明永樂年間，屬新置貴州黎平府轄（政管）。

據明《貴州通志．黎平都勻兩府志》，縣境自宋始有古州之名，凡五開衛屬“古州八萬生苗”或黎平府屬“古州苗”為今榕江縣境；清《貴州通志》，古州有里、外之分，自宋至元明建寨設州設長官司，皆外古州也，而里古州歷代俱為化外生苗。五帝時期，為三苗蠻域，夏、商、周朝（后周）為荊梁之地；春秋為楚國之域；戰國置毋劍縣，屬南夷夜郎國牂柯郡境地；秦隸黔中郡；漢屬武陵郡；三國初隸蜀國武陵群，后隸吳國武陵郡；東晉、西晉、南朝仍屬荊州武陵郡轄地。隋朝，縣境屬沅陵郡龍標縣境；唐太宗貞觀十三年（639年），屬黔州都督府應州轄地隸嶺南道，后改隸黔中道；五代十國，屬楚國誠州轄境；宋代，據明《貴州通志》載，宋太平興國二年（977年）為誠州刺史轄地；真宗咸平二年（999年）置古州（與今黎平羅里古地名“古州”同名），封羈縻刺史銜，隸廣南西路慶遠府都勻安撫司；微宗崇寧四年（1105年）屬環遠軍轄地，尋屬平州、格州和從州轄地。

元世祖至元初年，古州八萬洞屬都勻安撫司隸云南行省；至元二十年（1283年），縣境置古州八萬洞總管府，后改軍民府，隸四川行省順元路思州宣慰司；英宗至治二年（1322年），廢古州八萬軍民總管府，縣境屬上黎平軍民長官司轄地，隸湖廣行省思州宣慰司。明洪武三年（1370年）正月，縣境復立古州八萬洞蠻夷長官司，隸湖廣行省辰州衛，三月改隸湖廣行省靖州衛；九年（1376年），屬新置古州八萬洞蠻夷長官司轄地，隸湖廣布政使司靖州衛；十八年（1385年），廢古州八萬洞蠻夷長官司，二十一年（1389年）置古州衛，尋廢；永樂元年（1403年），縣境復置古州八萬洞蠻夷長官司，屬思州宣慰司，改隸新置貴州布政使司；六年（1409年），始設古州八萬洞蠻夷長官司流官吏目；十二年（1414年），古州八萬洞屬新置黎平府轄地，隸貴州布政使司；永樂三十年（1434年），置古州衛，隸湖南都指揮使司。

清初至清順治三年（1646年），縣境名上按明制仍屬古州八萬洞蠻夷長官司隸黎平府，直隸貴州布政司；九年即永歷六年（1652年），永歷王朝權力進入貴州，縣境屬永歷王朝貴州布政司黎平府轄地；十五年即永樂十二年（1659年），古州八萬洞蠻夷長官司屬黎平府，直隸貴州巡撫。

康熙十二年（1673年），吳三桂反，自立周王朝，統治云南、貴州，縣境為周王朝轄地；十九年（1680年）后，縣境淪為化外苗疆約50年；雍正七年（1729年），貴州巡撫張廣泗剿撫古州；八年（1730年）置古州廳，轄上下兩江及東南西北4路苗寨共571寨，屬黎平府；是年移開泰縣丞駐古州，年底就古州廳城諸葛營地筑土城，置古州鎮（貴州4個軍事重鎮之一），轄都勻、清江、黎平、鎮遠、丹江、凱里、黃平、臺拱等協營（制兵3000員，后增至9787員），直隸朝廷兵部；乾隆二年（1737年）設屯40堡，安屯軍2519戶，設古州左、右兩衛和朗洞營隸古州鎮，將駐古州廳城的開泰縣丞移駐朗洞 ，稱朗洞縣丞，隸黎平府；清乾隆五年（1740年），置古州兵備道，道署駐古州。將原屬貴東道的都勻、黎平2府改歸古州兵備道轄；七年（1742年），裁撤分守貴東道，以其所屬銅仁、鎮遠、思州、思南、平越府和松桃直隸廳改隸古州兵備道；十三年（1748年），廣西羅城所轄賈廷等14寨劃歸古州廳轄，古州廳轄地團洞、羅洞、寨麻、大榮劃為羅城管轄；三十六年（1771年），古州廳析出117寨計4218戶置下江廳。

道光年間，古州兵備道加分巡貴東道銜，轄都勻、黎平、鎮遠、銅仁、思州、思南府及松桃直隸廳；宣統元年（1909年），朗洞縣丞撥歸古州廳，自此朗洞城內外并治。三年（1911年）八月，辛亥革命爆發，九月，貴州宣告獨立，古州廳隨黎平府隸大漢貴州軍政府，宣告清廷古州廳政府結束。

民國元年（1912年）元旦，古州建置及隸屬不變，2月，古州廳隨黎平府隸北洋軍閥組建的貴州都督府（軍閥政府）；二年（1913年）9月廢古州廳置榕江縣公署，屬黔東道（道署駐鎮遠）；3年（1914年）廢朗洞縣丞，置朗洞一等分縣，隸榕江縣；5年（1916年）1月，榕江縣公署屬貴州東路刺使轄地隸貴州都督府，7月屬黔中道隸貴州民政公署；20年（1931年），縣以方位制為序數命區名，設6區57鄉12鎮；23年（1934年），縣屬貴州第十行政督察區（區署駐黎平）；是年12月，國民黨中央勢力借“剿共”機會入縣境，結束了長達23年的榕江縣軍閥政府，成立國民黨榕江縣政府；25年（1936年）4月，全省行政督察區調整為8個，縣改屬第八行政督察區（區署駐獨山）；是年裁撤朗洞分縣，轄地直隸于縣； 26年（1937年），縣改屬貴州省第二行政督察區（區署駐獨山）；是年12月，原縣第五、六區合并為第五區，撤鄉鎮建聯保，全縣轄5區21個聯保；30年（1941年）6月，黎平縣色邊聯保劃歸縣轄，轄地紹洞、岑門聯保撥往黎平；翁座、大坪、烏萊、老萊撥往劍河；32年（1943年），裁區設鄉，置朗洞區署，區署駐朗洞；全縣設2鎮15鄉；35年（1946年），增置定威、樂群兩鄉，撤八開鄉并入定威鄉，轄地德化撥往黎平；38年（1949年）1月，裁古州鎮并入五榕鎮；是年11月，中國人民解放軍蘭州支隊解放榕江，統治榕江縣15年的國民黨榕江縣政府宣告結束。

中華人民共和國成立后，1949年11月14日榕江解放，來不及建政，榕江淪為匪政權。

1950年2月20日，中國共產黨榕江縣委員會、榕江縣人民政府宣告成立，轄5區1鎮16鄉，分轄139保1437甲，屬獨山專區。是年4月4日，因土匪猖獗，奉省委、省軍區指示，駐軍全體官兵和縣委、縣政府全體干部撤離榕江，榕江復為匪政權。是年10月下旬，中國人民解放軍62軍186師557團在雷山烏洛（永樂）組建中共榕江縣工作委員會和成立榕江縣人民政府。是年11月14日，清匪和接管建政全面展開、縣工委和縣政府移駐縣城（古州），再次宣布榕江解放。

1951年6月，更中國共產黨榕江縣工作委員會為中國共產黨榕江縣委員會。是年10月，廢保甲制，置村民委員會。

1952年12月，裁撤獨山專區，置都勻專區，縣屬都勻專區。

1953年1月，縮小鄉鎮規模，增置第六區(樂里區)， 2月，三都縣盤石鄉7個行政村(74個自然寨)撥入縣第四區，并更名宰勇鄉，宰麻鄉更名栽麻鄉。全縣計6區58個鄉（鎮）。

1954年6月，由一區析出五榕鎮為縣直轄鎮(區級鎮)；7月，置城關區。

1955年4月，更人民政府為人民委員會。8月，將原以序數命區名改為以駐地命區名，一區更名車江區，二區更名忠誠區，三區更名寨蒿區，四區更名平永區，五區更名八開區，六區更名樂里區。全縣共置7區，分轄3鎮55鄉。

1956年4月，調整鄉鎮規模，撤城關區置城關鎮，撤車江區并入忠誠區。宰勇鄉改建水族瑤族鄉，喬來、赧里、定威鄉改置水族鄉，車民、中寶兩鄉合并置車江鄉。7月23日，黔東南苗族侗族自治州成立，縣由都勻專區析出，劃入黔東南苗族侗族自治州。9月，八開區興華、水尾兩鄉劃往三都縣。12月，寨蒿區八定鄉高定村劃往劍河縣。全縣設5個區34個鄉鎮，其中城關鎮為區級鎮。

1958年8月，改鄉為公社，全縣設17個公社（生產團），轄244個分社（生產營）。

1959年1月，榕江、從江并縣，建榕江縣。撤銷軍事建制，保留公社設置并擴大公社規模，共建12個人民公社，轄生產管理區98個。其中原從江縣轄區建從江、貫洞、下江、宰便、停洞、加鳩和西山7個人民公社，轄生產管理區55個；原榕江縣轄區建人民公社5個，轄生產管理區43個，生產隊263個。

1961年3月，榕江、從江兩縣分設。原八開公社加宜管理區加早、加退生產隊和巖寨2個小隊、計劃管理區擺王生產隊在分縣時劃入從江縣加鳩公社；是月，廢大公社體制，恢復區建制，共置古州、寨蒿、平永、八開和樂里5個區。

1962年，共設5個區，22個人民公社，轄215個生產隊9個街公所。

1963年3月，調整行政轄區，增置11個人民公社。7月，興華、水尾公社由三都縣撥回，分別置興華、水尾水族鄉，后改置公社。全縣設置5個區35個人民公社。

1964年10月，增置料里公社，撥平寨公社的高興、歸利、領真大隊和古州鎮的高文、高武和料里共6個生產大隊隸料里公社。

1965年，古州區改置忠誠區，五榕公社為縣直屬。是年，全縣共置5個區36個公社，下轄241個生產大隊，9個街公所(街道居民委員會)。

1967年，五榕公社革命委員會更名為“古州鎮革命委員會”。1968年3月成立“榕江縣革命委員會”，4月各區、公社相繼成立“區革命委員會”和“公社革命委員會”。

1981年，廢除各級革命委員會建制，恢復縣人民政府和區公所、公社、大隊管委會設置。

1984年，廢除公社建制，恢復鄉（鎮）、村設置。1992年，撤區并鄉建鎮，全縣建科級鄉（鎮）20個（6鎮14鄉）。其中民族鄉6個。

2003年，撤銷古州鎮轄7個街道委員會和8個行政村，建3個社區委員會。

2004年，試行撤并村和組建中心行政村。其中試行鄉（鎮）10個，組建56個中心行政村委員會。2006年，撤車江鄉并入古州鎮。

2008年，撤銷中心行政村，改建辦事處。2010年撤辦事處，恢復除古州鎮3個社區轄原居委會和村委會以外的原行政村。

2012年，全縣轄6鎮13鄉，領260個行政村7個街道居民委員會和3個社區委員會1645個村民小組和78個居民小組。2014年12月，根據扶貧攻堅戰需要，再次組建部分中心村和社區。

2016年12月，根據脫貧攻堅戰需要，撤銷部分中心村，恢復原行政村。

2019年8月2日，根據移民搬遷人口管理需要，從古州鎮析出文體中心、富民、東環陽光、臥龍、東環特和、車寨（車江一、二、三村）共6個社區置車民街道，街道辦事處駐臥龍社區；是年10月，從計劃鄉析出擺王、擺拉兩村移民搬遷點，設立古州鎮興旺社區居民委員會、古州鎮興盛社區居民委員會，辦事處駐場壩社區服務中心。全縣轄古州、忠誠、寨蒿、朗洞、樂里、平永、八開、平江、栽麻9鄉鎮和崇義、兩汪、平陽、計劃、仁里、三江、塔石、定威、興華、水尾10鄉（其中，仁里、三江、定威、興華、水尾為水族鄉，塔石為瑤族水族鄉）及車民街道，領189個村民委員會61個社區居民委員會，共1645個村民小組80個居民小組。